Sur Bactaegion, l'évaluation d'une protéine ou d'une piste passe par
des étiquettes sémantiques pré-validées plutôt que par du texte
libre. Chaque étiquette a un identifiant immuable BACT-NNN,
une définition opératoire, et des exemples ancrés dans les cibles V1.
Inspiré OBO Foundry.
Cinq règles non-négociables, inspirées du modèle OBO Foundry :
BACT-NNN qui ne
change jamais, même si la définition textuelle évolue.
deprecated_at,
jamais retirée du JSON. Les PR passées qui l'utilisent restent valides.
data/taxonomy/evaluation-v1.json.
Consensus requis : 3 pairs évaluateurs OU 1 Steward.
Friction technique volontaire pour éviter la prolifération chaotique.
obo_xref sera
ajouté pour interopérabilité globale.
Repli, domaines, oligomérisation, organisation spatiale.
BACT-001 active Le pli structural global est conservé entre la protéine de défense bactérienne et son orthologue eucaryote candidat. Critère opératoire : Z-score DALI ≥ 8, ou RMSD ≤ 3 Å sur ≥ 70 % des résidus alignés du domaine catalytique.
BACT-002 active Les résidus catalytiques essentiels (acides aminés clés de la triade ou de la diade fonctionnelle) sont identiques entre versions bactérienne et eucaryote. Implique généralement une cible peu sélective si attaquée directement.
BACT-003 active Une ou plusieurs boucles péri-catalytiques (β-loops, α-helices secondaires) divergent significativement entre orthologues, ouvrant une fenêtre de sélectivité allostérique sans toucher au site catalytique conservé.
BACT-004 active La protéine nécessite un assemblage oligomérique (filament, tétramère, hexamère) pour exercer son activité. L'oligomérisation devient elle-même une cible pharmacologique potentielle distincte du site catalytique.
BACT-005 active Présence d'un domaine transmembranaire dans une protéine que la séquence ou l'orthologie aurait laissée prédire soluble. Impacte la modalité (petite molécule diffusible vs anticorps vs peptide).
Activité catalytique, second messager, transduction du signal.
BACT-010 active Le système de défense produit ou consomme un second messager cyclique (cGAMP, c-di-AMP, c-di-GMP, cCMP, cUMP, 3'-cADPR). Le second messager devient lui-même une cible (agoniste, antagoniste, mimétique).
BACT-011 active Conversion d'adénosines en inosines sur ARN double-brin. Modifie la lecture par le ribosome (I lu comme G) ou empêche la reconnaissance par les capteurs d'ARN double-brin (MDA5, RIG-I).
BACT-012 active Domaine TIR exerçant une activité NAD+-glycohydrolase déclenchée par un second messager (cADPR ou cCMP). Dégrade le NAD+ cellulaire, conduisant à l'arrêt métabolique ou la mort cellulaire.
BACT-013 active Production d'un analogue nucléotidique modifié (ddhCTP, ddhGTP, ddhATP, etc.) qui s'incorpore dans l'ARN viral par la RdRp puis bloque toute élongation ultérieure.
BACT-014 active Activité ribonucléase ciblant spécifiquement les ARN de transfert, conduisant à l'arrêt de la traduction. Discrimination potentielle entre ARNt hôte et ARNt phagique selon modifications post-transcriptionnelles.
BACT-015 active Synthèse d'ADN à partir d'un template ARN (ncRNA) par une reverse transcriptase bactérienne en réponse à l'infection. L'ADN produit bloque la réplication phagique. Famille apparentée structurellement à la télomérase humaine TERT.
BACT-016 active Mécanisme self/non-self chimique : la bactérie modifie son propre ADN (phosphorothioate, méthylation atypique) et un effecteur reconnaît l'ADN non-modifié pour le cliver. Paradigme recognize-hydrolyze-activate.
Relation phylogénétique, orthologue/paralogue eucaryote, conservation.
BACT-020 active Un orthologue humain de la protéine bactérienne est connu, structuralement caractérisé, et fonctionnellement validé en biologie cellulaire ou clinique humaine.
BACT-021 active Une protéine humaine est proposée comme orthologue candidat sur base structurale ou de séquence, mais sans validation fonctionnelle croisée publiée. Hypothèse à falsifier expérimentalement.
BACT-022 active Aucune protéine humaine ne partage un fold ou un mécanisme suffisamment proche. La cible reste pertinente pour l'antibactériothérapie ou l'ingénierie biologique mais pas pour la translation host-directed directe.
BACT-023 active Identité de séquence faible (< 30 %) mais conservation structurale forte (RMSD < 3 Å) entre orthologues. Pattern classique des homologues fonctionnels distants ; rend l'alignement BLAST peu informatif sans alignement structural.
BACT-024 active Plusieurs paralogues humains existent, posant un défi de sélectivité spécifique. La modulation thérapeutique doit distinguer le paralogue cible des autres pour éviter les effets pléiotropes.
Poches, scaffolds, fenêtre thérapeutique, modalité.
BACT-030 active Une cavité druggable distincte du site catalytique a été cartographiée (cristal/cryo-EM/FPocket), permettant une modulation fine sans bloquer complètement l'activité. Cible préférable pour la sélectivité.
BACT-031 active Le site actif est trop conservé entre orthologues ou paralogues pour qu'un inhibiteur compétitif puisse être sélectif. Stratégies alternatives requises : allostérie, dégradation ciblée (PROTAC), modulation de l'oligomérisation.
BACT-032 active Un paralogue humain proche exerce une fonction physiologique vitale dont l'inhibition aurait des effets délétères. Critère de sélectivité minimal généralement requis : ≥ 100× sur IC50 cellulaire.
BACT-033 active La dose efficace est proche de la dose toxique. Stratégie de modulation aigüe préférable à inhibition chronique. Critère pour passer en clinique : ratio LD50/ED50 ≥ 10 typiquement.
BACT-034 active La modalité de choix est une petite molécule allostérique réversible, à durée d'action courte, permettant une cure aiguë sans accumulation chronique. Évite les liaisons covalentes irréversibles et les inhibiteurs irréversibles type suicide-substrate.
BACT-035 active Une chimie de référence existe (anti-défense phagique naturelle, inhibiteur synthétique publié, fragment cristallisé) servant de point de départ médicinal. Réduit le risque NCE (new chemical entity).
Niveau et type de preuve attendu avant translation.
BACT-040 active Étape critique préalable : démontrer l'activité (ou son inhibition) sur protéine purifiée et substrat défini. Avant tout passage en système cellulaire. Souvent l'étape limitante de coût-temps pour Bactaegion (in silico V1 seulement).
BACT-041 active Étape obligatoire entre biochimie pure et modèle animal : cellules humaines (HEK, primaires, iPSC dérivées) ou lignées tumorales selon contexte. Permet de confirmer pénétration cellulaire et modulation du pathway endogène.
BACT-042 active Étape pharmacocinétique-pharmacodynamique obligatoire avant clinique. Hors scope V1-V3 Bactaegion (cible Phase 4+ ou collaboration externe).
BACT-043 active Une structure 3D expérimentale publiée existe pour la protéine ou un orthologue proche, permettant docking direct et design rationnel. À distinguer des prédictions AlphaFold/ESMFold dont la fiabilité varie par région.
Auto-immunité, dual-use, off-target, biosécurité.
BACT-050 active Le mécanisme étudié pourrait être détourné pour ingénierer une résistance bactérienne renforcée à des bactériophages thérapeutiques, ou inversement pour ingénierer des phages contournant les défenses bactériennes naturelles. Nécessite Safety Attestation cercle Biosécurité avant publication détaillée.
BACT-051 active L'inhibition prolongée de la cible humaine déclenche des réponses auto-immunes ou interféronopathies documentées. Restreint la modalité à des cures aigües ou à des modulateurs partiels réversibles.
BACT-052 active L'inhibition de la cible affecte un paralogue ou un mécanisme exprimé dans le système nerveux central, pouvant causer convulsions, neuropathies ou troubles cognitifs. Critère de sélectivité spécifique requis vs paralogue cérébral.
BACT-053 active Hypothèse, donnée ou résultat soumis à validation préalable du cercle Biosécurité Bactaegion avant publication publique sur la plateforme. Procédure documentée dans GOVERNANCE.md.
Vous pensez qu'il manque une étiquette ? Que la définition d'une étiquette existante doit être affinée ? Trois chemins :
data/taxonomy/evaluation-v1.json
avec : nouvelle étiquette + définition opératoire (critère mesurable) + 2-3 exemples ancrés.
deprecated_at et retrait de l'interface d'annotation.
La biologie moléculaire a un vocabulaire technique qui évolue vite. Allostérique, off-target, fenêtre thérapeutique : ces mots ont chacun une définition précise dans la littérature, mais sont utilisés de manière approximative dans la communication courante. Un vocabulaire contrôlé fige la définition de référence pour le projet Bactaegion, sans empêcher la discussion de la définition elle-même (par PR).
La seconde raison est doctrinale : nous refusons les champs texte libre publics sur la plateforme, pour éviter d'avoir à modérer du discours de haine, de la propagande pseudo-scientifique, ou des injections de prompt LLM toxiques. La nuance scientifique passe par la combinatoire des étiquettes pré-validées + une note structurée 200 chars maximum. C'est suffisant pour la science précise, c'est insuffisant pour l'invective.
Le modèle de gouvernance est inspiré d'OBO Foundry (Open Biological and Biomedical Ontologies), qui coordonne depuis 2007 plus de 250 ontologies biomédicales (Gene Ontology, ChEBI, Sequence Ontology, etc.). Le standard PURL immuable est la pierre angulaire de l'interopérabilité scientifique à long terme.