Pourquoi ce lexique
La biologie moléculaire a un vocabulaire technique qui fait fuir trois lecteurs sur quatre dès la première page. C’est dommage parce que derrière chaque mot se cache une histoire qui rendrait le mot évident. On va dérouler les briques de l’arsenal anti-phage en racontant leur petit truc à chaque fois.
Ne lis pas tout d’un coup. Reviens piocher quand tu tombes sur un mot inconnu dans un atelier ou un chapitre.
Les acteurs
Phage
Un virus qui infecte les bactéries. Pas les humains. Tu en as quelques trillions sur ta peau et dans tes intestins en ce moment, ils sont totalement indifférents à toi. Fun fact : il y en a plus que d’étoiles dans l’univers observable. On les appelle aussi bactériophages (« mangeurs de bactéries »), un terme inventé par Félix d’Hérelle à l’Institut Pasteur en 1917 — bien avant qu’on comprenne ce que c’était.
Bactérie hôte
La cellule attaquée. Quand le phage injecte son ADN dedans, deux issues : soit la bactérie se laisse hijacker et produit 100 nouveaux phages avant d’éclater (mort par lyse, c’est moche), soit elle déclenche un système de défense et meurt avant d’avoir pu être détournée — un suicide altruiste qui sauve ses voisines.
Système de défense
Un opéron (= un cluster de gènes contigus régulés ensemble) qui détecte un phage et déclenche une réponse. 478 206 familles différentes ont été cataloguées en 2026 (Bernheim et al., Science). On en pensait six il y a dix ans. Le monde bactérien est beaucoup plus belliqueux qu’on croyait.
Les pièces d’un système
Senseur
La protéine qui détecte l’infection. Souvent une ATPase qui repère de l’ADN étranger, ou un récepteur qui détecte un signal phagique caractéristique. Si tu veux une analogie : c’est l’alarme incendie.
Effecteur
La protéine qui agit. Elle clive l’ARN phagique, dégrade un cofacteur essentiel à la traduction, ou détruit la membrane bactérienne. Si le senseur est l’alarme, l’effecteur est le pompier — et souvent, accessoirement, l’incendie aussi (suicide cellulaire).
Transducteur / Auxiliaire
Entre senseur et effecteur, parfois une troisième protéine qui amplifie le signal ou le traduit d’une nature chimique à une autre. Chez CBASS, c’est la cyclase qui transforme une détection ADN en signal cGAMP soluble.
Second messager
Une petite molécule (souvent cyclique : cGAMP, cCMP, cUMP, c-di-AMP) produite par le senseur et reconnue par l’effecteur. C’est un signal diffusible, comme une hormone interne à la cellule. Fun fact : la même grammaire chimique existe chez l’humain (cGAS-STING utilise cGAMP). La nature recycle ses bonnes idées.
Les systèmes phares
CBASS
Cyclic oligonucleotide-Based Anti-phage Signaling System. Le système le plus étudié. Senseur = CD-NTase (une cyclase qui produit du cGAMP/cdiAMP/etc.). Effecteur = un Cap (1, 2, 3, ou 4) qui suicide la bactérie quand le second messager monte. Caractérisé par Lowey et al., Cell 2020. Pourquoi c’est précieux : CBASS partage des mécanismes avec cGAS-STING humain. Les agonistes STING anti-cancer pourraient sortir de là.
Pycsar
Pyrimidine cyclase system for anti-phage resistance. Comme CBASS mais avec des mononucléotides cycliques (cCMP, cUMP) au lieu de dinucléotides. Effecteur = un TIR (Toll-Interleukin Receptor) domaine, à activité NADase. Pourquoi c’est précieux : le domaine TIR humain (SARM1) tue les axones quand activé — donc les modulateurs de TIR bactérien éclairent les neuropathies humaines. Caractérisé par Tal et al., Nature 2021.
RADAR
Restriction by an Adenosine Deaminase Acting on RNA. Senseur = RdrA (ATPase). Effecteur = RdrB (désaminase A→I sur ARN double-brin phagique). Caractérisé par Duncan-Lowey et al., Cell 2023. Pourquoi c’est précieux : RdrB est l’homologue fonctionnel d’ADAR1 humain (qui édite l’ARN endogène pour éviter qu’on s’auto-attaque). Cibler ADAR1 = potentiel anti-tumoral majeur.
Schlafen (bactérien)
Une protéine qui clive l’ARNt phagique : sans ARNt, plus de traduction, plus de phage. Pourquoi c’est précieux : le paralogue humain SLFN11 est un tumor suppressor qui sensibilise les cellules cancéreuses aux chimios topoisomérase. Si on apprend à activer SLFN11, on rend la résistance-chimio réversible.
Viperine (bactérienne)
Une enzyme Radical-SAM qui produit ddhCTP/ddhGTP : ces molécules sont des analogues nucléotidiques qui terminent la chaîne quand l’ARN polymérase virale tente de les incorporer. Pourquoi c’est précieux : le RSAD2 humain (« Viperin ») fait la même chose contre les flavivirus, HIV, certains coronavirus. ddhCTP stabilisé chimiquement = antiviral naturel à large spectre. Caractérisé par Bernheim et al., Nature 2021.
Les concepts transversaux
Host-directed therapy
Cibler une protéine humaine au lieu d’une protéine virale. Plus robuste face aux mutations virales (le virus mute, l’humain non), mais plus risqué côté toxicité (on touche notre propre machinerie). La piste RADAR/ADAR1 et Schlafen/SLFN11 sont host-directed.
Anti-défense phagique
Pour chaque défense bactérienne, certains phages ont fabriqué le contre : un petit gène qui code une protéine qui inhibe la défense. Les anti-CRISPR (Acr) sont les plus connus, mais il y a aussi Acb1/2/3 (anti-CBASS), Apyc1 (anti-Pycsar)… Pourquoi c’est précieux : ces anti-défenses sont des inhibiteurs naturels optimisés par l’évolution. Ce sont des chimies de référence gratuites. Voir chapitre 6.
Operon defense island
Une zone du génome bactérien où plusieurs systèmes de défense sont rassemblés en cluster. La plupart des bactéries ont 5 à 15 systèmes différents dans un seul génome. Defense Finder et PADLOC sont les deux outils bioinfo qui les détectent. C’est l’équivalent du SAS du génome — toutes les armes au même endroit.
A→I editing
Une modification chimique qui transforme un A (adénosine) en I (inosine) dans l’ARN. Comme l’inosine est lue comme un G par la machinerie cellulaire, ça change le sens du codon. C’est le truc de RADAR (sur ARN viral) et d’ADAR1 (sur ARN endogène, pour le masquer).
Radical-SAM
Une superfamille d’enzymes qui utilise la S-adenosyl-methionine et un cluster fer-soufre [4Fe-4S] pour faire de la chimie radicalaire (= avec des électrons célibataires). Très bizarre, très efficace, très utilisée par les viperines.
Fold
La forme tridimensionnelle adoptée par une protéine. Deux protéines peuvent avoir des séquences très différentes et un fold quasi-identique (= elles font probablement la même chose, et elles descendent souvent d’un même ancêtre lointain). Détecté par DALI ou Foldseek. C’est la boussole de l’analogie cross-règnes : si une protéine bactérienne et une protéine humaine partagent un fold, on peut souvent transférer un inhibiteur de l’une à l’autre.
RMSD
Root-Mean-Square Deviation. La distance moyenne entre deux structures 3D superposées, en angströms (Å). 0–2 Å = structures essentiellement identiques. 2–4 Å = même fold mais quelques boucles divergent. >5 Å = soit tu compares mal, soit ce ne sont pas le même fold.
Petits outils mentaux
Could you patent the sun?
Phrase de Jonas Salk en 1955 quand on lui demandait pourquoi il ne brevetait pas son vaccin antipoliomyélite. C’est aussi notre devise. Le vivant n’appartient à personne. Cf. landing page.
TAZ
Temporary Autonomous Zone. Concept d’Hakim Bey (1991) : créer des espaces de liberté qui ne demandent permission à personne, même brièvement. En version Bactaegion : zéro coût d’infra récurrent, hébergé gratuit, prêt à disparaître proprement. Pas besoin d’autorisation pour exister.
BYOK
Bring Your Own Key. Tu apportes ta clé d’API LLM (Claude, GPT,
Gemini, ou Ollama local), Bactaegion ne stocke rien et ne paie rien
pour ton inférence. Vois /onboarding/.
DID
Decentralized Identifier. Une identité cryptographique générée sur
ton appareil (Touch ID, Windows Hello), qui ne dépend pas d’un compte
serveur. Tu signes tes contributions, tu reçois tes badges Open Badges
3.0, et personne ne peut te le confisquer. Vois /identite/.
Pour aller plus loin
Si tu veux approfondir une notion :
- Chapitre 1 · Course aux armements
- Chapitre 2 · Le langage des cycles (sur CBASS / Pycsar)
- Chapitre 5 · L’édition silencieuse (sur RADAR)
- Chapitre 6 · Quand le phage répond (sur les anti-défenses)
- Booster du jour — pour piocher une question concrète
Et si tu trouves un mot que ce lexique ne couvre pas, ouvre une issue GitHub. C’est le travail des gnomes — et on le reconnaît explicitement.